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「生命大百科」(Encyclopedia of Life)-一項與數典計劃有關的重大科學國際合作計畫之啟動
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「生命大百科」(Encyclopedia of Life)-一項與數典計劃有關的重大科學國際合作計畫之啟動
 
中央研究院生物多樣性研究中心/邵廣昭

一、背景、目的及重要性

 

隨著網路及資料庫資訊科技之日新月異,生物多樣性相關之資料庫或資訊網亦如雨後春筍般地紛紛出現,這也正好符合了生物多樣性公約之要求,希望將全球生物多樣性之資訊網能夠有効地蒐集及整合,並透過各國之國家結點或入口網能夠彼此交換、相互分享,這項工作也是推動全球生物多樣性研究、教育、保育及永續利用最重要的基礎建設工作。

 

全球生物多樣性機構(GBIF)即在此需求下在2001年由OECD推動成立。迄今五年來GBIF [http://www.gbif.org] 已成功地達成其第一期的工作目標,全球已有1.2億筆博物館標本及其分布之資料已經整合。許多實際在負責收集資料的國際合作計畫也在GBIF之架構其領導下相互地分工及合作。譬如,「全球物種名錄建置計畫」(Species 2000),也可稱Catalog of Life, CoL (Species 2000) [http://sp2000.org] ,己與北美洲之IT IS計劃合作,希望在2011年將全球物種名錄資料庫建置完成;「生命之樹」(Tree of Life, ToL) [http://tolweb.org/tree] 則為負責蒐集整合生命的演化樹的資料庫;而「生命條碼計畫」(Barcode of Life, BoL) [http://barcoding.si.edu] 旨在建置含地球上所有物種某一共同片段DNA之條碼資料庫,來作為分子鑑種的依據。而以生態長期監測資料為主之國際長期生態研究(ILTER)亦將與GBIF合作,將彼此之分布資料予以整合。但真正最具規模及最需要的生物多樣性資料整合工作應該就是在今年59才正式對外公開,由有生物多樣性之父之稱的E. O. Wilson所倡導發起的「生命大百科」(Encyclopedia of Life, EoL) [http://www.eol.org] 的國際合作計劃了。此計劃希望集全球科學家的共同努力,在未來十年內將地球上已知的180萬種生物的各類資訊能整合在一個網站上,提供外界免費查閱。小從兒童的家庭作業,大到提供政府作資源保育及管理規劃所需之資訊,用途甚廣。

 

生命大百科的概念最早可追溯到1990年代由賓州大學且負責Costa Rica INBioDaniel Janzen所採用的species pages,後來2003Wilson在其文章中亦清楚地予以闡明,直到2005Wilson正式向MacArthur基金會提出申請後,才促成了此計劃之實現。這也是他在今年38在美國獲頒2007 Technology, Entertainment, and Design (TED)獎的表揚大會之希望演說(Conference Wish Address)中所作的呼籲[http://www.ted.com/index.php/pages/view/id/105 ],希望藉由全球科學家的共同努力,能儘快把地球上所有180萬種之物種的各類資訊均能完整地紀錄下來,並在網路上可讓全球的每一個人都能很便捷地瀏覽到每一個物種最新、最權威的資訊。

 

二、計劃之誕生

 

生命大百科之計劃提出後,即被視同於「人類基因庫解碼」(Human Genome Project),及建置基因序列資料庫(GenBank)一樣的一項「重大科學計劃」(Big Science Project),將會對人類科學及社經產生革命性的影響。故立即獲得美國費爾德自然史博物館、哈佛大學、史密森尼博物院、生物多樣性遺產圖書館聯盟(BHM) http://biodiversitylibrary.org 、密蘇里植物園等多所學術機構之支持,並在兩年前即已悄悄地開始籌組,並舉辦了一系列各類工作小組之相關會議,其中文獻之掃描也已在倫敦、波士頓及華盛頓之圖書館以每年125萬頁之速度在進行。中研院生物多樣性研究中心亦在今年二月獲邀参與其中有關物種名稱多語化之規劃工作。

 

此一計畫在歴經兩年之籌劃,並獲得美國最大之MacArthur基金會及以支助科學研究為主之Sloan基金會各支助1000萬及250萬美金之經費後,於今年59在美國國家科學院(NAS)中上午正式對外公開,當晚亦在第29屆國際生物科學聯盟(IUBS)會員大會之歡迎晚宴中再次向來自各國的代表公開此一計劃。

 

「生命大百科」之計畫何以到今天才被正式提出,主要是因為過去的資訊技術及網路傳輸速度尚未臻成熟,但是近兩年來資料庫整合及多媒體技術之發展,以及使用Web2.0及互動式(Wiki形式)之慨念已普獲認同[wikipedia維基百科啓動才四年,即收錄達150萬詞條],因此這時候來推動本計劃可謂是正逢其時。換言之,本計劃之執行方式,有別於以往傳統百科全書之編撰是由少數的編輯者來主筆,而是改由號召全球成千上萬的科學家,將各自的研究成果或所收集到地球上180萬種生物之相關圖文、影音、地圖圖資等等資料,經由自由軟體,共同創作方式透過網路來上傳及分享,成為一個線上的百科全書。這個計畫之啟動也正符合今年3G8國家環境部長會議中所作的宣示,要建置一個「全球物種資訊系統」(Global Species Information System)http://www.bmu.de/english/international environmental policy/g8 presidency 2007/doc/38948.php 

 

三、計劃的內容與特色

 

EoL之目標是希望在未來10年內完成180萬種物種網頁之建置,它的內容可謂包羅萬象,從分類、標本、生態、生理、生化、分子生物、遺傳、分佈、生殖、生活史、行為、食性、棲所、生態系、經濟、保育、利用及文獻與相關連結等等之資訊可說是一應俱全。目前已有一些未來物種網頁之樣式可在EoL之網站上先一睹為快(www.eol.org)EoL之建構初期當然以建置動物、植物、及真菌為主,但其資料庫格式也可提供未來擴展到微生物所使用。使用者未來甚至可以用自己的語言去建置自己的eol個人網頁”my eol”。使用者只要進入EoL網站後,即可有如one-stop shopping般地一次查到所有想要查的資料,而不是面對甚多不相關之聯結而不知如何下手。EoL之新任執行長,他也是剛由GBIF秘書長一職轉任來的James Edward在記者會中也提到,希望幾年後只要有任何一種生物之資料有上網,即可被EoL所超連結(hyperlink)到。它所服務的對象將從兒童、普羅大眾到科學家或專業人士。換言之本計劃將以「宏觀」方式來縱覽地球上的所有生命、如計劃完成,其網页將高達三億頁,其長度將等於環繞地球約两圈多的距離。

 

未來EoL可能會遭遇到的壓力應該是權益者或使用者對此一網站的期望太高或太快即要求此工作能夠完成。而可能面臨的阻礙應仍是智慧財產權的問題。EoL將會採取與GBIF相同的做法,一方面宣揚為保育目的而促進公開生物多樣性資料的理念,另方面亦徵求資料提供者之公共授權之同意,並標記提供者之姓名。資料蒐集後會經由專家來審閱其正確性。其網頁亦可隨時修改,民眾了加上自已的見解,希望能藉此鼓勵「平民科學家」的風潮。

 

四、計劃之組織與分工

 

EoL計畫,目前係由一執行委員負責領導,主席為洛克菲勒大學之Jasse H. Ausubel,計畫辦公室主任Woods HoleGary G. Borisy,執行長James Edwards及哈佛大學博物館James Hanken館長,BHL主席英國Graham Higley,麥克阿瑟基金會副主席John Hurley,菲爾德博物館館長John W. McCarter,密蘇里植物園Peter Raven及史密森尼博物院之主任秘書Cristian Samper等六位所擔任。而合作之學術機構正陸續擴充中,迄今年三月為止,已有AIBS, AMNH, ALA, BGCI, Sp2000, CAS, CONABIO, CETAF, FishBase, GBIF, Humbold Inst., INBio-Costa Rica, NHM, NY Botanical Garden, OBIS, Kew Garden, TED, SANBI, UNEP, Wikimedia基金會及IUCN等單位加入。真正工作之執行是由其秘書處下的五個工作群組:1)物種網頁群組(含設計、蒐集資料、智財權、網站);(2)資訊群組(軟體及入口網);(3)掃描及數位化群組(加速掃描及上網公開);(4)教育及推廣群組(適合各齡群之使用需求);(5)生物多樣性綜合群組(蒐集及整合生物多樣性之時空資料、演化樹、保育之應用,並擴大EoL在科學和教育上之功能)。相信EoL也能和GenBank一樣,對比較生物學、生態學、保育及永續科學上會發揮更大的促進及催化之作用,造福全人類。

 

推動這項計劃也對發展中國家的科學家很有幫助,因為不同地區的科學研究成果將會有効地被蒐錄、引用、整合與分享。這些國家的科學家也可以輕易地從網路上查到過去所無法查到或借到的各類資料,大幅減少數位落差的障礙,對全球生物多樣性之保育及人類的永續發展作出重大貢獻。

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附註:

1.          Encyclopedia of Life 之名稱,早先雖已先被San Diego Supercomputer Center所推動的一項將生物的蛋白質體(proteome)之資料整合之Proteomics Project所使用。但因生命大百科計劃之推出。SDSC在日前已宣佈關閉該網頁http://www.ngbw.org/eol/index.html 並將轉移到生物資訊學相關之計劃去,包括SWAMI

2.          eol 的介紹及demo 之影片,也有Wilson之演講實况錄影在http://www.eol.org/home.html  (官方網站,速度比較慢一些)http://www.youtube.com/watch?v=6NwfGA4cxJQ   (youtube網站,速度比較快)

 

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