數位典藏國家型科技計畫在新的二期計畫裡，為能增添與呈現台灣臺灣文化、社會與自然環境之多樣性的數位內容，第一分項「拓展台灣數位典藏計畫」，將更積極回應如何促成各類有關豐富「典藏台灣多樣性」的知識庫形成與擴展的問題。為延續第一期的工作重點，以各計畫執行之經驗與成果為基礎，深化數位化領域之調查與分析，加強流程控制及品質管理的研究，促成各子計畫遵循共同的技術、標準和守則，達到符合計畫需求之品質。
在第二期計畫中，調整為「生物與自然」、「生活與文化」、「文獻與檔案」、「藝術與圖像」、「地圖與建築」及「語言、影音與新聞」等六個小組，透過組織數位內容專題討論社群，協助推動參與計畫的數位典藏工作，並制訂多樣性台灣知識庫內容架構，積極啟動與統整各類資料庫，著重以web2.0 精神促成人文、自然等類知識庫的研發，讓這些數位內容既能拓展「多樣性」又能富有「整合性」，以朝向「典藏台灣多樣性」的二期計畫總目標而大步邁進。